一人株式会社の畳み方と費用完全解説｜廃業40〜90万円 vs 個人M&A売却を比較 | ニナウマッチ| M&A・事業承継メディア

本記事は一般的な情報提供を目的としており、個別の法的・税務アドバイスではありません。手続きの詳細は税理士・司法書士にご相談ください。

一人株式会社を畳む前に知るべき3つの選択肢

一人株式会社を畳む方法は、廃業（解散・清算）だけではない。「休眠」と「事業・会社の売却（個人M&A）」を合わせた3つの選択肢がある。費用と手元に残るキャッシュを比較してから判断することが、最も合理的な意思決定につながる。

IT・Web系の一人社長が「法人を畳みたい」と考えるとき、多くの方が「廃業手続きを調べて、専門家に頼む」という一択で動き始めます。しかし実際には、状況によっては廃業よりもはるかに有利な選択肢があります。この記事では、3つの選択肢の概要・費用・手元に残る金額を整理し、あなたにとって最善の出口を探っていきます。

解散・清算とは？廃業のゴールと手続きの全体像

「解散・清算」とは、株式会社を法的に消滅させる手続きです。具体的には、株主総会での解散決議から始まり、解散登記、官報への公告（2ヶ月以上の債権者保護期間）、清算決算、清算結了登記という一連の流れで完結します。法務局への登記費用や専門家報酬が発生するため、最低でも数十万円のコストがかかります。

廃業（解散・清算）の最大のメリットは「完全にゼロにリセットできる」点です。一方、費用と時間が確実にかかり、残余財産がある場合は税負担も生じます。「とにかく終わらせたい」という気持ちは理解できますが、まずは費用の実態を正確に把握してから判断することを強くお勧めします。

休眠（活動停止）のメリットとリスク

「休眠」とは、事業活動を停止しながら法人格を維持し続ける状態です。決算申告（赤字でも法人住民税の均等割約7万円/年が発生）は継続する必要がありますが、廃業手続きにかかるまとまったコストを先送りできます。「また再開するかもしれない」「今すぐ結論を出せない」という局面では有効な選択肢です。

ただし、注意点があります。法務局は最後の登記から12年間変更登記がない株式会社を「みなし解散」として職権で解散させることがあります（会社法第472条・法務省通知）。放置しているつもりが知らぬ間に解散状態になるリスクがあるため、休眠する場合は定期的に登記状況を確認してください。

個人M&A・スモールM&Aとは何か

「個人M&A」「スモールM&A」とは、中小企業・個人事業主レベルの事業や会社を、専門的な仲介プラットフォームを通じて売買する手法です。売り手は事業・会社を売却してキャッシュを得られ、買い手は既存の事業基盤を手に入れることができます。バトンズ・TRANBI・ラッコM&Aなどのプラットフォームでは、数十万円規模の小さな案件から掲載が可能です。

廃業が「費用を払って終わる」のに対し、M&A売却は「売却益を受け取って終わる」という構造的な違いがあります。特にIT・Web系の一人会社は在庫・設備・店舗がなく、ドメインや顧客リストなどの無形資産が評価されやすい業種です。「自分には無理」と思い込む前に、選択肢として検討する価値があります。

一人株式会社の廃業費用と期間の実態

一人株式会社の廃業費用は、法定費用（登記+官報）で約7〜8万円、専門家報酬（司法書士+税理士）で35〜80万円が加わり、合計40〜90万円が相場となる。さらに残余財産がある場合、みなし配当課税が生じる点は見落とされやすいリスクだ。

「廃業費用がどのくらいかかるかわからない」という状態が、多くの一人社長が動き出せない最大の理由です。以下では費用を3つの層に分けて整理します。IT・Web系の一人会社は在庫・設備・店舗がないため、他業種と比べると廃業コストが抑えやすい構造になっています。それでも無視できない金額になることを、まず正確に把握してください。

法定費用（必ず発生するコスト）の内訳一覧

廃業手続きには、法律上必ず発生する費用があります。これらは専門家に頼む・頼まないにかかわらず支払いが必要です。

解散登記（登録免許税）：30,000円
清算人選任登記（登録免許税）：9,000円
清算結了登記（登録免許税）：2,000円
官報公告費用：約32,000〜40,000円（9〜11行程度、1行あたり3,589円税込）
合計（法定費用のみ）：約73,000〜81,000円

登録免許税の内訳は法務局「よくあるご質問（商業・法人登記関係）」に明記されています。官報公告の掲載料金は官報販売所の公式サイトで確認できます。これらは変動しないため、計算の基準点として使ってください。

専門家報酬（司法書士・税理士）の相場と必要性

一人株式会社の廃業手続きは、登記書類の作成や税務申告が伴うため、事実上は専門家のサポートが必要になります。「自分でやれば節約できる」という考えは正しいですが、税務申告（解散事業年度・清算事業年度の確定申告）については税理士への依頼が現実的です。

司法書士報酬（解散・清算人選任・清算結了の登記手続き一式）：15〜30万円
税理士報酬（解散申告＋清算決算＋残余財産確定の確定申告）：20〜50万円

上記の相場は、司法書士法人はやみず総合事務所の公開情報を参考にしています。専門家報酬は依頼先・会社の状況によって変動します。複数の事務所に見積もりを取ることをお勧めします。また、中小企業庁が運営するJ-Net21でも廃業・解散に関する手続きガイドを無料で参照できます。

見落とされやすい「みなし配当課税」のリスク

廃業コストとして見落とされがちなのが「みなし配当課税」です。会社を解散・清算した際に残余財産が生じた場合、その財産を株主（一人社長）が受け取ると、資本金を超えた部分が「みなし配当」として所得扱いになります。最大で約20.315%（所得税15.315%＋住民税5%）の税率が適用されます。出典：国税庁｜No.1465 株式等の譲渡損失(赤字)の取扱い

国税庁の「みなし配当」に関する取り扱いによれば、会社清算時の残余財産分配についても同様の課税が生じることが示されています。IT・Web系で利益を内部留保していた会社、または資本金額以上の純資産を持つ会社は特に注意が必要です。税額の試算は必ず税理士に依頼してください。

廃業にかかる期間の目安（最短2ヶ月以上）

廃業手続きには時間もかかります。会社法の規定（第499条）により、官報公告後に2ヶ月以上の債権者申出期間を設けることが義務付けられています。この2ヶ月は短縮できません。実務的には株主総会決議から清算結了登記まで3〜6ヶ月を見込んでおくのが現実的です。

「来月から新しい仕事を始めたい」という場合でも、廃業手続きが終わるまでの期間は法人として各種申告・納税義務が続きます。スケジュール感を持って、早めに専門家へ相談することをお勧めします。

▶ 廃業費用の概算がイメージできたところで、もし売却できた場合の概算額も確認しておくと比較判断がしやすくなります。簡易査定シミュレーターで自社の売却概算を無料で試してみてください。

廃業 vs 個人M&A売却：費用・時間・手元残額の比較

廃業は費用がかかる「出費」の選択肢であるのに対し、M&A売却は売却益が手元に入る「収入」の選択肢だ。IT・Web系の一人会社は在庫・設備がない分、無形資産（集客チャネル・顧客基盤・月次定期収益）の評価を受けやすく、売却が成立しやすい業種でもある。

廃業と売却、どちらが自分にとって合理的か。この判断を「なんとなく」ではなく数字で比較できるよう、以下に整理します。特にIT・Web系の一人会社にとって、M&A売却が現実的な選択肢であることを具体的なデータで示します。

廃業した場合の収支シミュレーション（支出のみ発生）

廃業（解散・清算）を選んだ場合、手続きを通じて発生するのは「支出」だけです。概算を整理します。

法定費用（登記+官報）：約7〜8万円
司法書士報酬：約15〜30万円
税理士報酬：約20〜50万円
合計支出：約40〜90万円
残余財産がある場合：さらにみなし配当課税（最大約20.315%）が上乗せ

つまり廃業は、お金を払って終わる選択肢です。売上300〜1,000万円規模の一人IT会社であれば、廃業だけで50〜80万円程度が手元から消えることを覚悟する必要があります。これはあくまで一般的な目安であり、会社の状況（負債の有無・資産規模・専門家への依頼範囲）によって変動します。

売却した場合の収支シミュレーション（キャッシュインが発生）

M&A売却を選んだ場合、手元に入るのは「売却益（売却額から仲介手数料等を引いた金額）」です。スモールM&Aの場合、売却価格の目安は年間営業利益の2〜3倍が実態に近い水準とされています（売上ベースではなく、実質キャッシュフローで評価される点に注意）。

売却価格の目安（年間営業利益100万円の場合）：200〜300万円
プラットフォーム成約手数料（バトンズ等）：売却額の5〜10%程度
手元に残る概算：180〜270万円（仲介手数料差引後）

廃業で50〜80万円を「払う」のに対し、売却では数百万円が「入ってくる」可能性があります。この差は無視できません。ただし「必ず売れる」「必ず廃業より得」ということではなく、あくまで可能性の比較です。自社の実態に合わせてシミュレーションすることをお勧めします。

IT・Web系一人会社が売れやすい理由

IT・Web系の一人会社が個人M&Aで売却しやすい理由は、ビジネスモデルの構造にあります。製造業や飲食店と異なり、在庫・設備・店舗がないため、買い手にとってのリスクが小さいのです。

ARR（月次定期収益）やSaaS型収益があると評価が高くなる
ドメイン・メディア・顧客リストが資産として評価される
リモート完結で売買・引き継ぎができるため地域制約がない
個人M&Aプラットフォーム（バトンズ・TRANBI・ラッコM&A等）で個人でも売れる

実際にM&Aサクシードの公開事例では、1人で運営していたIT系情報サイトが売却され、売却益を新規事業の準備資金として活用した事例が紹介されています。「メディアを企業に売却できると思っていなかった」という感想が示すように、一人でも売れる時代になっています。また、M&A総合研究所の調査によれば、Web制作会社は「売り手市場」で高値売却が望める業種として分類されています（参考：https://masouken.com/web制作会社の売却）。

売却相場の目安（IT・Web系スモールM&A）

IT・Web系スモールM&Aの売却相場は、業種や事業の特性によって異なりますが、一般的には以下の目線で評価されます。

SEO・アフィリエイト系メディア：月間営業利益の12〜24ヶ月分
受託Web制作・SES：年間営業利益の2〜3倍
SaaS・ツール系：ARRの2〜5倍（継続収益の安定性で評価が上がる）

「年間利益2〜5倍」という数字はあくまで目線であり、買い手の属性・市場環境・事業の属人性によって大きく変動します。自社の実態に近い数字を知るためには、シミュレーターで試算してみることが最初のステップです。

▶ 廃業と売却の収支の差を確認した上で、自社の概算売却額を知りたい方は簡易査定シミュレーターを試してみてください。数分で概算が出ます。

売却を選ぶなら知っておくべき「会社の磨き方」

一人会社の売却で最大の懸念は「属人性」だ。売上の源泉・集客チャネル・運用工数・引き継ぎ可能な資産を整理するだけで、買い手候補の不安が大きく下がり、売却成功率が高まる。

「自分がいないと回らない事業は売れない」と思い込んでいる一人社長は少なくありません。しかし実際には、属人性を下げるための「整理」を事前に行うことで、売却の可能性は大きく広がります。完璧に属人性をゼロにする必要はありません。買い手が「引き継げる」と感じられる状態にすることがゴールです。

売却前に整理すべき5つの項目

売上の源泉の明文化：どの顧客・チャネルから収益が生まれているかを一覧化する
集客チャネルの可視化：SEO・SNS・紹介など、集客の仕組みを文書で説明できる状態にする
運用工数のドキュメント化：1週間あたり何時間、どんな作業が必要かを記録する
属人業務の棚卸し：「自分でないとできない作業」を洗い出し、マニュアル化または外注化できるか検討する
財務数値の整理：直近3期分の売上・営業利益・経費内訳を一覧化する

これらの整理は、売却のためだけでなく、事業の現状把握にも役立ちます。「まずマニュアルを1本書く」ことから始めると、意外とスムーズに進められます。

マニュアル化が売却額を上げる理由

買い手が最も恐れるのは「前のオーナーが抜けた途端に売上が落ちること」です。業務マニュアルがあると、引き継ぎの遅延による業績悪化リスクを防げることを買い手に示せます。これは価格交渉において強力な武器になります。

特に重要なのは「集客の仕組みがマニュアル化されているか」です。SEOで集客しているなら対策キーワード・記事制作フロー・更新頻度を、SNSで集客しているなら投稿ルール・エンゲージメントの維持方法を文書化してください。「売れる前の準備」がそのまま「売却額を上げる準備」になります。

どのプラットフォームを選ぶか

個人M&Aプラットフォームは複数あります。それぞれ特徴が異なります。以下はあくまで参考情報であり、特定のプラットフォームを推薦するものではありません。

バトンズ（Batons）：国内最大級の案件数。中小企業から個人まで幅広い規模に対応
TRANBI：成約手数料が比較的低め。IT・Web系の案件も多い
ラッコM&A：Webメディア・ブログ特化。小規模案件（数十万円〜）に強い

プラットフォームの選び方は「自社の規模と業種に近い成約事例が多いか」で判断するのが基本です。複数に登録して反応を見ることも可能です。詳細は各プラットフォームの公式サイトでご確認ください。

廃業・売却で失敗しないための注意点

廃業でも売却でも、手続きの誤りや専門家選びのミスは大きなコスト損失に直結する。特に廃業では「みなし配当課税」、売却では「DD後の価格下落リスク」が見落とされやすい。

廃業・売却はいずれも「一度きりの大きな意思決定」です。ここでは特に注意すべき落とし穴を整理します。事前に知っておくだけで、大きなミスを防ぐことができます。

廃業の落とし穴

官報公告の期間管理ミス：公告から2ヶ月以内に清算手続きを完結しようとするのはNG。会社法上、2ヶ月の経過を待たなければ清算結了できません
休眠の長期放置：最後の登記から12年間変更登記がないと、法務局が職権で解散させることがあります（会社法第472条）。気づかないまま法人が消える可能性があります
みなし配当課税の見落とし：残余財産が資本金を超えた場合の課税は、廃業を決めてから気づくケースが多い。事前に税理士に試算を依頼することが必須です
税務申告の期限ミス：解散事業年度と清算事業年度それぞれに確定申告義務があります。申告漏れはペナルティの原因になります

売却の落とし穴

基本合意書の「見込み価格」は確定ではない：基本合意書に記載された価格はあくまで「見込み」であり、デューデリジェンス（DD）の結果によって下がることが通常です。価格が「上振れしにくく、DDで下がるのが基本」という前提で交渉に臨む必要があります
担当者の理解度で成否が変わる：仲介担当者が自社の強み（技術・顧客基盤・集客力等）を正確に理解しているかどうかが、売却成功率に直結します。担当者選びの重要なポイントは「自社の強みへの理解度」です
ロックアップ条件の確認：売却後に一定期間の在籍義務（ロックアップ）が設定される場合があります。「売却後すぐに自由になれる」と思い込まずに、契約条件を必ず確認してください
秘密保持の徹底：M&A交渉中の情報漏洩は取引破談の原因になります。従業員・取引先への開示は、基本合意後かつ双方合意のタイミングで行うことが一般的です

廃業・売却いずれの場合も、専門家（税理士・司法書士・M&Aアドバイザー）に相談してから進めることを強くお勧めします。

よくある質問（FAQ）

一人株式会社の廃業・売却に関してよく寄せられる質問に、端的にお答えします。個別の状況によって異なる部分がある点はご了承ください。

Q1. 一人株式会社の解散に最低いくらかかりますか？

法定費用（登記+官報公告）だけで約7〜8万円かかります。専門家を頼まずに自力でやっても、この費用は必ず発生します。司法書士・税理士への依頼を含めると40〜90万円が一般的な目安です。法務局の公式情報で最新の登録免許税額をご確認ください。

Q2. 廃業手続きは自分でできますか？

書類作成は自力でも可能ですが、解散・清算事業年度の税務申告は実質的に税理士への依頼が必要です。また、登記手続きは司法書士に依頼するのが一般的です。「完全に自力」は難しいと考えた上で、どこを専門家に任せるか判断することをお勧めします。

Q3. 休眠会社のまま放置するとどうなりますか？

毎年7万円前後の法人住民税均等割がかかり続けます。また、最後の登記から12年間変更登記がない場合、法務局が職権で解散させることがあります（会社法第472条）。意図せず解散状態になるリスクがあるため、放置は得策ではありません。

Q4. IT・Web系の一人会社でも売却できますか？

可能です。在庫・設備・店舗がないIT・Web系は、むしろ買い手リスクが低く、売却が成立しやすい業種です。ARR・ドメイン・顧客リストといった無形資産が評価されます。バトンズ・TRANBI・ラッコM&Aなどのプラットフォームに無料で掲載できます。M&Aサクシードの公開事例では、1人運営のIT系メディアが売却に成功した実績もあります。

Q5. M&A売却にはどのくらいの時間がかかりますか？

案件によって異なりますが、プラットフォーム掲載から成約まで3〜12ヶ月が目安です。買い手探し・交渉・DD・基本合意・最終契約・引き継ぎというステップがあります。廃業（最短2〜3ヶ月）と同程度か、やや長くなるケースが多いです。ただし廃業は「コスト支払い」で終わり、売却は「収益獲得」で終わる点が根本的に異なります。

まとめ

一人株式会社を畳む選択肢は「廃業一択」ではない。廃業は40〜90万円のコスト支出で終わるのに対し、M&A売却は数十万〜数百万円のキャッシュインが期待できる。IT・Web系の一人会社は在庫・設備がなく売却が成立しやすい業種であり、まず自社の売却概算を知ることが最初の合理的なステップだ。

廃業費用は法定費用7〜8万円＋専門家報酬35〜80万円で、合計40〜90万円が相場
残余財産がある場合は「みなし配当課税」が追加で発生し、国税庁の定める最大約20.315%が課される
廃業期間は最短でも2〜3ヶ月（官報公告2ヶ月が法的義務）
M&A売却はIT・Web系に向いており、年間営業利益の2〜3倍が売却価格の目線
売却前に「業務マニュアル化・売上の源泉整理・財務数値の可視化」の3点を整えると成功率が上がる

まず取るべき行動は、自社がどのくらいの金額で売れるかを把握することです。廃業にかかるコストと売却益を数字で比較した上で、どちらが合理的かを判断してください。

簡易査定シミュレーターでは、売上・利益などの簡単な情報を入力するだけで自社の概算売却額を無料で試算できます。まずシミュレーターで概算を確認してみましょう。具体的な数字が見えた段階で、廃業か売却かの判断が格段にしやすくなります。

M&Aや事業譲渡についてさらに詳しく相談したい方は、無料相談窓口からお気軽にご連絡ください。専門家があなたの状況に合った選択肢を一緒に整理します。